После того как холодная война пошла на спад, значение радиолокационных станций перестало играть большую роль. Именно поэтому было принято решение перепрофилировать город. На его территории были открыты предприятия по разработке электронных вычислительных машин нового поколения. В то время это был передовой центр, который стал градообразующим. Сюда приехало большое количество ученых, для которых выстроили жилые кварталы.
В 1977 году решением правительства Краснознаменск стал поселком городского типа. При этом населенный пункт стал полностью закрытым. Длительное время город носил секретное название Голицыно-2, но уже в 1980 году был переименован в Краснознаменск.
Еще через год населенный пункт получил статус города, но все равно оставался закрытым научным центром, поэтому численность населения росла достаточно медленно. Только в 1994 году статус населенного пункта был изменен.
В настоящий момент Краснознаменск является крупным населенным пунктом с несколькими исследовательскими институтами и развитой инфраструктурой. Город по-прежнему остается местом жительства для многих военных. Недавно в нем получили жилье служащие космодрома Байконур.
